今年新冠疫情肆虐全球，柯文哲市長將率市府團隊於3月13日，參與由台北市基督教會聯合舉行的「2021台北城巿祈禱早餐會」，此為睽違15年後再度進行，並邀請政治、媒體、企業、教育、宗教界的知名基督徒代表，一同從台北守望世界，為全球疫情祈福。
自2005年，北市曾舉辦過一次城市祈禱早餐會外，之後因種種原因，皆未舉辦，今年睽違15年再度舉辦。促成原因，是柯文哲市長去年參與教會聯合辦理聖誕節活動，看見過程中基督教與天主教眾教會合一傳遞溫暖，並讓城市充滿喜樂與愛，感動之餘而促成此次活動辦理。也讓北市成為今年六都最先舉辦的城市，教會未來希望與市府合作，持續為城市守望禱告。